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Latest revision as of 03:33, 26 August 2015

Please input one-sentence summary here.

Annotated Information

Name

NTT: noncoding transcript in T cells.

Characteristics

17kb, polyadenylated, but not spliced.

Sense intronic to Phosphodiesterase 7B, also covers one exon.

Contains a number of repeats, mostly near the 3 end.

Function

Please input function information here.

Expression

Expressed in activated, but not resting, CD4+ T cells. Also found in stimulated peripheral blood mononuclear cells (PBMC) and CD8+ T cells.

Localisation is predominately nuclear.

Shows a similar expression pattern to the interferon-gamma receptor gene, found ~1Mb away, which may suggest a co-regulation of the two transcripts in immune cell activation/development.

Conservation

Has short regions of conserved sequence.

Misc

Phosphodiesterase 7B is a cAMP-specific phosphodiesterase, a member of the cyclic nucleotide phosphodiesterase family. Involved in cAMP and cGMP signaling.

Sequence given is from genomic DNA, which corresponded to results from RT-PCR and RACE.

Transcriptomic Nomeclature

Please input transcriptomic nomeclature information here.

Regulation

Please input regulation information here.

Allelic Information and Variation

Please input allelic information and variation information here.

Evolution

Please input evolution information here.

You can also add sub-section(s) at will.

Labs working on this lncRNA

Please input related labs here.

References

Annotation originally sourced from lncRNAdb.

Basic Information

Transcript ID

NONHSAT115106

Source

NONCODE4.0

Same with

,

Classification

sense

Length

17538 nt

Genomic location

chr6+:136265389..136282959

Exon number

2

Exons

136265389..136270029,136270035..136282959

Genome context

Sequence
000001 ATCCTGCAGT TTTCTGAAAC GTAGACCCTG TGGCTTAGCC CAGTTAATCT CGTAAACTGG GTCATCACCC TGGGTTGCAC 000080
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003361 AGGCTGATAG GTTCTTTTGT GGTTATGCAG ACAGCTATAA CACATTTATA TGTGTAACAC TTGATGATGA GAAAAGGTTC 003440
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003521 AATTAGGTGG TTTGTATTCA GGCAGCTATG ATGAAAAGGT AAGAACCATG TTGTAATTCC TAAACCAAAG ATGGATGATA 003600
003601 AGATAGACAA GTAAATTATT AAGTCCTTAC ATCACAGTAC AAAACCCTTA CTTAGAATTT CTGGAAGAAA TGTATATTTG 003680
003681 AACTACTGTA ATCTGAAGTC AGCACAACTA TTATCGACAC AGCATTTGTA ACAAAATAAC AACATTGTAA TGAATAATCA 003760
003761 TTTGTTCTTG TAGGATGATA TATCATCAAT GCCTTTGACA AACTCTTTTA ATATATACTG TTAGGTAATG AAGTTGGTAT 003840
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003921 AATCATGATA TGAAAGTTTC TAAACAGTAA AATTTTAGGT CTAGTGTTTA GATCTTATTT AAGCCACTAA ACTATGTCCA 004000
004001 ATAAAGTTGC AATTCATTAT AGTAATAGAA GTAAACAGTA GCATGGATAA ATAAAAATAA TTTCTAAATT TTATTTTCAC 004080
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