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Latest revision as of 03:33, 26 August 2015

Please input one-sentence summary here.

Annotated Information

Name

NTT: noncoding transcript in T cells.

Characteristics

17kb, polyadenylated, but not spliced.

Sense intronic to Phosphodiesterase 7B, also covers one exon.

Contains a number of repeats, mostly near the 3 end.

Function

Please input function information here.

Expression

Expressed in activated, but not resting, CD4+ T cells. Also found in stimulated peripheral blood mononuclear cells (PBMC) and CD8+ T cells.

Localisation is predominately nuclear.

Shows a similar expression pattern to the interferon-gamma receptor gene, found ~1Mb away, which may suggest a co-regulation of the two transcripts in immune cell activation/development.

Conservation

Has short regions of conserved sequence.

Misc

Phosphodiesterase 7B is a cAMP-specific phosphodiesterase, a member of the cyclic nucleotide phosphodiesterase family. Involved in cAMP and cGMP signaling.

Sequence given is from genomic DNA, which corresponded to results from RT-PCR and RACE.

Transcriptomic Nomeclature

Please input transcriptomic nomeclature information here.

Regulation

Please input regulation information here.

Allelic Information and Variation

Please input allelic information and variation information here.

Evolution

Please input evolution information here.

You can also add sub-section(s) at will.

Labs working on this lncRNA

Please input related labs here.

References

Annotation originally sourced from lncRNAdb.

Basic Information

Transcript ID

NONHSAT115106

Source

NONCODE4.0

Same with

,

Classification

sense

Length

17538 nt

Genomic location

chr6+:136265389..136282959

Exon number

2

Exons

136265389..136270029,136270035..136282959

Genome context

Sequence
000001 ATCCTGCAGT TTTCTGAAAC GTAGACCCTG TGGCTTAGCC CAGTTAATCT CGTAAACTGG GTCATCACCC TGGGTTGCAC 000080
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003601 AGATAGACAA GTAAATTATT AAGTCCTTAC ATCACAGTAC AAAACCCTTA CTTAGAATTT CTGGAAGAAA TGTATATTTG 003680
003681 AACTACTGTA ATCTGAAGTC AGCACAACTA TTATCGACAC AGCATTTGTA ACAAAATAAC AACATTGTAA TGAATAATCA 003760
003761 TTTGTTCTTG TAGGATGATA TATCATCAAT GCCTTTGACA AACTCTTTTA ATATATACTG TTAGGTAATG AAGTTGGTAT 003840
003841 TATTTTCCTC ATTTTATAGG TTAGAAACAA TTATAGAGAA TATAAGTGAT GCACTTAACC TCAAAGTGAG AAATGGTCCA 003920
003921 AATCATGATA TGAAAGTTTC TAAACAGTAA AATTTTAGGT CTAGTGTTTA GATCTTATTT AAGCCACTAA ACTATGTCCA 004000
004001 ATAAAGTTGC AATTCATTAT AGTAATAGAA GTAAACAGTA GCATGGATAA ATAAAAATAA TTTCTAAATT TTATTTTCAC 004080
004081 CAAATTTTTA CCTTTGTAGA TTCTAACCTT GAACTATATT AATAAGCAAA GAAAAAAATT ATTCATTTTA GCATTTTCTA 004160
004161 TTTACTCTGC CCACTTCATA TATTGACAGT CTAGATTATT GGTGAAAAGC AGACAGCAAG TTAAATAGAG GCAGGCAAAG 004240
004241 ATCTTGGTAA TTTATAATTC AAAATAATCA TGTAACAAAT AATCAAAGGT GGTACACGAC TTAAGAAACA AACAAAAACC 004320
004321 AGACATCATA TTTTTCTAGC CTTCTAATCT TTCTTAAATT CTTTACTGAT TTTTAAATCT CTCTTTGCAG TTCTATGTTT 004400
004401 TTATTTTAAT TAAGATGGTG GCTATATAGT AATACATTCA TTGAAAAATG AACGTTTTAC TAGAAGCACA TGAACGAAGA 004480
004481 ATATAGCATT GCATCCATAC ACCCATTTCA AATATCCAAT ATTCCTTCCC CTTGAAAGTG TGAAATGAAA ATGTCTCCAA 004560
004561 AGTTCTAATA TTTCAGGTAC TAGATAGATA GATAGATAGA TAGATAGATA GATAGATAGA TAGAAGAAGA CAGACAGACA 004640
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004801 AGGTTGGTGC TATTGTTATC TTCATTTTAT AAATAAGGAA ATTGAGGGAA ATGGTTGAAT ACTGCAGGTA CCTTACTACC 004880
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004961 TGAATGCATC ATCTATTTTG ACTGAATGTT TCTGTGTCCT GTCTTCCATG TAAGTTGATT GATTAGTTTA TAGCTAGAAC 005040
005041 AGTAAGAGAC TTTCTACTAC TGCCTATAGA TTTGAATTCA CTTAAAGTAA GATCAATTAT CTTTCCATCT CTTCTAGATT 005120
005121 ATGTGGTATG GTTTATATAG CTGCCAGAAA ACAATCCTGA CCGCCAAATA TGTCTCTAAT GAATCTGCCA GATTGCACAA 005200
005201 AATTCTAAAA TTAGAAATGC ATTTATATAA ATCAGTTTTA TGTTGCTACC ACTGTCATAA TAATTACAGT TAATTGAGCA 005280
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005361 TATCTTCCAA AATATAGATA TCTCTAGCAA TAGAAGAGTT TTAATTAAGC TGATACTGGT TATTAACCTT GTAGATTTCA 005440
005441 TTAGTTTGTT AGATTTCCCT TTTTTTCGTA ATTCAGACTA AATAATAAAA GGACCTGTGA GAATGGAAGT TTTTATTAGT 005520
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006001 CTTCACCACT GTCTAAGGTA TTAATTAGTT TGTTGCTATC TTCAAAAGGA ATCTCAGATA ATGTTCTTAT GATTTCCTAA 006080
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006161 TAAGCCCTGC CAACCATAAT GTAGTTTTTA TTTTTGTAGG TAATTTTATA ACATTTTTAT GAATAAATCA AAATTTCTAA 006240
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006321 TGGTCAAGCC CTTGGCTCAC TCCCCTGGAA ACCTCCCTCT CTACCCACTC ACACTCCAGG TTTGGGTGCC TGCTGGATCC 006400
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012641 AAGTCAGAAA GGCTGGTGGA GGATATGACA GTACCTCTCA AAGTCTGCCG TCAGGAAGGG TTTCTTAGGA TAGGAAGGAT 012720
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014001 ATTTTCCGCT TCTATAAATT GGATTCAAAA CTTCTTGCTT TCAAGATGAG TCCATCTAGG AATCTTTGTA TACATCAAAC 014080
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016321 CTTTTTAATT GAAATACAGC TTAAATTCTG AGAAATGTCT AGTTTTTAAG TGCAGCTCAA TGAATTTTTA CAAAGTTAAC 016400
016401 GTATCTGTAC AAAACCACAT GGATGAAAAC AGATAGTTTC CCTCGTACCG CCTCCTAGAC ATTACCTCCC AAAGATTCCA 016480
016481 TTCTGATGCA CTGAATTCTA TCACCATTCC CTAATTTTGA AATTTATATA GATGAAATTA AAGAGTATAT TCTTTGTCCA 016560
016561 GTCTGCCTTC TTTCACTCAA CACTGTCTAT GAGATTCATG CATGCTGTTG CATATAGATG TAGTTCATTC TTATTTGTTT 016640
016641 CTTTTGCTAT AGAACAGAAG TCAGCAAGTC ACAGCTCTTG GGCTAAACCT GACCTGTCAC CTGTTTGATT AGAACACAGC 016720
016721 CATGTCCATT CATTTACATA TTGCCTATGG CAGTTTTCAT GCTACAAAAT GGTAGAGTTT GGTCATGATA GAGACCATCT 016800
016801 GATCCCCAAT ACCTAACATA TTTGCTATGT GTCCCTTCAC AGAAAGAGAT TGCCGATTAC CACTATAGTG TCTAAATATT 016880
016881 CTTATACATG TCTTTTTGTG CAAAAAATTA CACACATTCT TTCAAGTATC TACCTATAAT TGCAAATTGC AATTGTTGGG 016960
016961 TCATAGAGTG TATATGTGTG TGTGTGTGTG TGTGTGTGTA TGTGTGTGTG TGTGTGTGTG TGTGTGTGTG TGTAGTTCAG 017040
017041 CTTTATTCTG CCAAAAAGTT TTCCAAACTG GCTATACCAA TTTATCCTCC TACCAGCTGT GTACAAAAGT CCCACAAATA 017120
017121 ATTTAACACT CAATGATTAA CTTAAGTAAA AGTTAGAATG CATAATTCAT CATTTGACTC AATAAAAACA GTTTATGTAA 017200
017201 TAGCCTGTAA TGAAGATCAT GATTATCATT TAAGTAAACA AATCATCAGG TGTTACCATC AGGTTGATGA TGGTAGTAAT 017280
017281 AAAATGAGTA AATTTTATTT GCTGATTATC CATGAGCATT AAAGAGTTGA TGAAGTTTGT TGCATAAACT GAATTAATAG 017360
017361 TTATTCTTTG TTGAACACTT GAAAATAAAT GTCCCACAAA TGATCCTAGT AAGTGCTTAC TCACCCACAG GGAACTATAA 017440
017441 ACAAAACCCT GGTCATAAAT AAAAACTGTT TTCTGTCGAC CTAATTAATT TCATTTTTTC TTTCTCAACA AAATATACAA 017520
017521 CTAACTATAT TTTACAGA
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