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Revision as of 10:27, 16 October 2014

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Annotated Information

Transcriptomic Nomeclature

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Function

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Regulation

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Expression

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Allelic Information and Variation

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Evolution

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Labs working on this lncRNA

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References

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Basic Information

Transcript ID

ENST00000418282.1

Source

Gencode19

Same with

lnc-C3orf72-1:1

Classification

intergenic

Length

3518 nt

Genomic location

chr3+:138823027..138844009

Exon number

3

Exons

138823027..138825263,138828054..138828147,138842823..138844009

Genome context

Sequence
000001 AAAGGAAGAA GAGGAACACG TTGCTGTGTG CTCGTGGCAC GTGGCCTGTT GGGTCCTTTC GCAGTCCTTT GAAGCAGTTG 000080
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002881 TTCAGTGCCA GCTATGCCAC TTACCAGCTG TGGGACCTTG GGCAAGTTGC CTTTGTGCCT ATGCTTCCAC TTTCCTTTTC 002960
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003041 TGTCTGGCAT CTAGCAAACA TTCTTCACAT GTTTGCTGTT ATCAAGATTG TTGTATATGT GAATGAAATG ATACGATGTC 003120
003121 TCAGATTTGC TTTAAAATAA TAGGGAGGTT GGGGAAGTGG GTTGGGGTAC AGACGAAACA GGAGTAGGTG TGAGTTGATA 003200
003201 ATGTTGAAGT TGAGTGATCA GTACGTGGGT TTATTACACT ATTCTTTTCA CATTTGCTTT GAAACTGTTC ATAAAAATTT 003280
003281 CCATAATAAA AGTTCTATAT ATATATAAAT ATATACATAC ATATGAGAAA ATGATGTTTA TAGCAGAGCT TCACTAGACA 003360
003361 TGGTATGTAG CATGTAGTGC ACAAGCTGAT TTTAAGTGAT ATTCAGATGG CCTTTTAAAT TTAATTATTA TGTATTTAAA 003440
003441 ATTTAATTAA TTATAGCAAG TGATATGAAC TGTGATAATG CAGAAGGTTT CCTTTTAAAA TAAAGTTCAG TCAAAAAA
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Predicted Small Protein

Name ENST00000418282.1_smProtein_1502:1762
Length 87
Molecular weight 9407.8383
Aromaticity 0.116279069767
Instability index 59.4220930233
Isoelectric point 7.68414306641
Runs 11
Runs residual 0.0117146824019
Runs probability 0.0541985836104
Amino acid sequence MLGNGEVDLPCVVPPFVCPCPASWHLLFTPRAPRFSPLPRATFGLVFLFHVPACRILSFF
CQGSSSPSPPLNQLSLWNAADQTNSH
Secondary structure LLLLLEELLLLLLLLLLLLLLLLEEEEELLLLLLLLLLLLLLLLEEEEEELLLEEEEEEE
ELLLLLLLLLLLLLLHHHHHHHLLLL
PRMN LLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHLL
LLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLL
PiMo iiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiTTTTTTTTTTTTTTTTTToo
oooooooooooooooooooooooooo