NONHSAT003247

From LncRNAWiki
Jump to: navigation, search

Please input one-sentence summary here.

Annotated Information

Transcriptomic Nomeclature

Please input transcriptomic nomeclature information here.

Function

Please input function information here.

Regulation

Please input regulation information here.

Expression

Please input expression information here.

Allelic Information and Variation

Please input allelic information and variation information here.

Evolution

Please input evolution information here.

You can also add sub-section(s) at will.

Labs working on this lncRNA

Please input related labs here.

References

Please input cited references here.

Basic Information

Transcript ID

NONHSAT003247

Source

NONCODE4.0

Same with

,

Classification

sense

Length

5763 nt

Genomic location

chr1-:52889075..52900342

Exon number

2

Exons

52889075..52891179,52896685..52900342

Genome context

Sequence
000001 agactgggtt tcaccatatt ggtcgggcta gtcttgaact cctgacctca ggtgatccac ctgccttggc tccccacagt 000080
000081 gctgggatta caggtgtgag ccattgcgcc cagccCAGAC TCATAAGTTT AATATTGTTT GTTGAGTTGC TCTTAACCTT 000160
000161 TGTGTAAATC TATATTCACC TTGTACTTCT TAATTAATAA TGACTCTAAA TAACACTCTA AATCTgacat aatattcagt 000240
000241 gctttacact tagcaaattt aatccttgga gtggccatgt gaagtggtag gtattagtat catcaaattt tacaaattgg 000320
000321 gaaactgaga ataagagagT ATAAAAATCA AACCGAAGTC TTTCTAGCAT CAAATCCATT AACCGTTTAA CATGCTAAAT 000400
000401 CTAATGTGAT TTGTGTTTTA GAAAAAACAT TCAAGTATTT GAAGAGTATT AGGGAGAATC TTTGGAAAAC ATTTAGGAAA 000480
000481 TTTTCCACCC TCACCTCAAA CACTTGAATA CCTATTATGT GCTTGATACT TTCATAAACA ACAATAATCA CATTTAATGT 000560
000561 AGTTAACATT TGTTGAGTGT AAACTATGTG CTGTACATGC ATTCATTCTT TGTGATTATA AAATATTTCA AAAGTACAGA 000640
000641 AAAGTATAGA AAATAAATCT CTATGTATCA TTACCAGGCT TTAACAGTTT TTAACATTGT TATTTTAGCT TTATTAAAAA 000720
000721 ATCACCCTca gttgaacacc ctgtacattc ttctttgatc ccattcctat cttaaaagct tcctaccatc cttcccttgc 000800
000801 tacagaaatg tatctgctat cttgaacttg gtggttatat gttccacatg catTGTtcag ttaatcttct caaaaacctg 000880
000881 aggcaaattc tgattatatt ttataggtaa agaaaccgag gtttcagttt cttgcctgag gtcaatagac acttggaatc 000960
000961 agaacgcgaa ccctcaggct ctctgtcagc aaaacttatg ctctaaccac ttttctatgc tgccctaatt ttcattttat 001040
001041 gctactagtc ctcacttttc tctcacccgt gctttcggaa agagtctgtc taatggacat tgctattctg atgtctaaca 001120
001121 aagcacgtca acatgcctaa aatatagtta atctttcctt tcaaccccca ggacttgcct cttcctcctg tgttttatat 001200
001201 ctcgttgaat gatcccattt tctatctagt ttccaaaact tttccctctc cttcaacctc tatgttcagt cactaagtcc 001280
001281 tgttgtttct gccttaaaaa aagctaggtg tttgcctcac tcctgtaatc ccagcacttt aggaggctga ggtgggtgga 001360
001361 tcacctgagg tcgggagttt gagaccagcc tgaccaacat ggtaaaaccc catctctgct aaaactacaa aaaattagct 001440
001441 ggatgtggtg gcagggaacc tgtcatccca gctagttggg agactgaggc aggagaatca ctcgaaccca ggaggcggag 001520
001521 attgcaatgt gccgagattg caccaccgca ctccagcgtg ggcaacacag cgagactgtc tcaaaaaaaa aaaagtatct 001600
001601 cacagccatt tgcttccctc tatccctgtt tgtgtttcct tagcctaggc tactatcatc tcctaatcag tctcaacagc 001680
001681 cttttagcag tctcctaatc agtctcaaca gccttttaat ttttacttat ctatttattc attcattttt gagacagcgt 001760
001761 cttgctctgt tgcccaggct ggagtgcagt ggcacaatca tggctcactg cagtcttgac ctcccaggct cgggtgattc 001840
001841 tcccatgtca gcctccagag tagctgggac tccaggcatg caccaccaca cttggctaat ttttgtattt cttgtaaaga 001920
001921 tgggatttcg acatgttgcc caggcaggtc tcaaactcct gagctcaagt gatctgcctg cctcagcctt tgaaagtgct 002000
002001 aggattacag tcttgagcca ctgttcctgt ctctcatcag cctttaaaaa aattctctat tttattctta ttaaaccagg 002080
002081 ataatctttc taaagttcag attgatcatg ttccatacct gtttaaaacc cttcagtggt ttaccactgc atttaggata 002160
002161 tagtctaaat tacaaggctt ataagacact tcattgtctt gcccctattt agctcttcag cctcggccat tcccctgcca 002240
002241 ttatatatac tccagtaata ttaaacttct ttcagattcc aattacttta aaaagccatg tgttttcata cctctagacc 002320
002321 ttcaatcata ttgaacactc ttcctctccc cttatctctc ccttcttgta tcagactgat ttctgtttac cctgagtctc 002400
002401 agctaaaaga tcactttttc taggaagctt tccctgattt ctcttctctc cttctcccaa agtgacttta ggtgttcctg 002480
002481 ctctgggatt tcattatgta gttgaccctt gaacaaaaca ggtttgaact gcgtgagtct acttatacat gaattttttc 002560
002561 caacagattg tggttggaaa gtacagtatt cccaggatgc aaaacccaag tattcagaga tccaactttt tgtatatatg 002640
002641 ggttctgtag agctgactgt gggacttgag tacaggattg tgggggtcct ggaaccaatc ccctgcatat cctgagggac 002720
002721 agctgtacac tgtacattct ttatcatagt actcattata cttattatga ttgcttatgt aatctttgtc tgctcccttc 002800
002801 cttatccccc ttaaacgttg agctccatga gggcatacat gttggtatta catttttatt acctagaaca atacttagta 002880
002881 cataattgac acaataaata cttgttgagg gactgaatGA AAGTGACTAT GAGATATTTA GATGGAAGTT TTGAGTTTGC 002960
002961 AATAGGAAGT ATGTGTTCTG CACGATGGGA ACCATGTCTG GGCTCTCGTT TCTTTGGACA ATAAAACGAT TTGTGAGGCA 003040
003041 ATACCTACTT GAAAAGGGGG TTTGAGTACC TTGGGAAAAA CTAATTATTT GTTATGATAT ACATCATAGA GTTCTGtttt 003120
003121 ataaagtttt taattttgta ttttatctct acttttataa aattaagatg tttataaatt aattaaaaaa aatttttttt 003200
003201 ttGTCTGCAG TCTGAATCAC CATCTTATTC TCCTCAGCCT CAGCCATTTC CACAGAACTC TTCCCAGTCA GCTGCTATTA 003280
003281 CTCAGCCTTC ATCTCAGCCA GGATCCCAAC CTAAGCTTGG CCCACCTCAG CAGGGAGCCC AACCTCCCCA TCAGGTCCAG 003360
003361 ATGCCACTGT ATAACTTTCC CCAGTCACCA CCAGCTCAGT ATTCTCCCAT GCACAATATG GGATTGTTGC CAATGCACCC 003440
003441 TCTCCAGATC CCTGCCCCGT CCTGGCCCAT CCATGGCCCA GTGATCCACT CTGCACCAGG CAGTGCCCCC AGCAATATTG 003520
003521 GCCTAAATGA TCCCAGCATC ATCTTTGCAC AGCCTGCTGC CAGACCTGTG GCAATCCCTA ACACGTCTCA CGATGGACAC 003600
003601 TGGCCCCGTA CTGTGGCTCC AAATTCCCTG GTAAACAGTG GTGCAGTGGG GAATTCAGAG CCAGGCTTTC GAGGACTGAC 003680
003681 TCCTCCAATT CCTTGGGAAC ATGCACCGCG TCCCCATTTC CCCCTTGTCC CAGCTTCGTG GCCTTATGGT TTGCATCAAA 003760
003761 ACTTCATGCA TCAGGGAAAT GCCCGATTCC AGCCCAACAA ACCTTTCTAT ACTCAAGGTA CCACTGCTTA CAAATTAGTT 003840
003841 AACAGGCTTG GGTGGGTTTT ATTCTGGGAT AGAGAGCCTT AGTGAAGGCC AGGATCTGGG AGTGAAAatt catgaattca 003920
003921 gtaaacattt actgagaaat tatactgtgt gtcagatggt gctaggtgct tgtaaaacaa aatctccatt acttgatgca 004000
004001 cactttatta ggaaagccag acatgttaaa tagaaaagga gtttagatga atcagttaac attgccctag caaatccaaa 004080
004081 caggatgtgg atttaagatt attacatcac aagattttga cagttgagct agatcttgaa agagatgcag gaattttttt 004160
004161 tttgcctaga gatgagagag gaggaggagt atgcttagct gagggattaa tatatgcagt cactgagttt tgcctggcat 004240
004241 aatgaaaaag agtagaaaat attagggcta gaggacggag gtatatggga aagatggtga taaggctaga gagggtaggc 004320
004321 ttagaccata ttatggagtt tggacttggt ttactgagca ttggggacct aattaaaggt ttttagtgga acgaagacat 004400
004401 aatcATATTT GTTTAGTAAA CGTAGGACTT GAATGACCTT AAAATTTATT ATGTTCTGCT GGTGCTATTG TAGTACTAAT 004480
004481 AATGGCTTTG ACTGGGTAAT GAATATTACA AACAAAGAAT TCCTAGAAAC TTGGAGCATT TTATCTAACC TACTTGCCTC 004560
004561 AGAGGTATTT GTTCTTATAG GCATTGTCTG AGTCTGGCCT TCAGCTCTTT GTTAACTTAG TTCAGAACAC TTGGGTCAGA 004640
004641 GTCAGTATAG TTAAACTAGG AGTTCAAGAA GTTAAAACAG GCACTCAGGA AATGCTGATT GAATGAAATG ATAACTTAAA 004720
004721 GGGGAAGTGC CTGGTATGGT CTCAGGCTTG TTATATTTAA GCCTTCTTAA ACCACCCATA TACTACTGGG GCATCCCTGT 004800
004801 ATTGTAGAGT GGCAGAGCCT TGACTGTGGT TGAGCTCTTC TCTTGAGCAA AGAACTGGGG CTGAAGGAAG TTACTATTAG 004880
004881 TCATAAGCCC TTTTAGGAGG GGAGAGTCTG CAACTCTTTT CTAGTGGGTT TTTTCCCTTT GATTCCTCCT CTCCATCTTT 004960
004961 CGTGTCCTCT CCTTTTTTCA CATACAGGTA TTTCCTTCCC TTCTTCATTT TTCTCCCCAC CCTCTCAAAT GTTTTGCAGC 005040
005041 ATGCTTTATC ACCTCCTATT ATATAAATAG AAAAAAAGAA AGCTAACTAC AAGTTAATTC TAAGGTGTTG TCAGATAAAC 005120
005121 AGGCACAAGC CTTTCAGTTT CCTGTCTGTG TTGTATCCAA CAGACAGATG TGCCACCCGT CGGTGTAGAG AGCGTTGTCC 005200
005201 CCACCCACCA AGAGGAAACG TGTCGGAGTA ATGCGAGTCC ATTTTCTTTC AGCTGGTCTA CCGATGCACA GCAACCAGCC 005280
005281 AATCCTGCTG TCTCAAGGGT ATCCGTACCT CAATGTCAGT TACATTCAGC AGAAAAAGTG ACATTTAATG GAAAGCAAAA 005360
005361 CAAATCAGGT CCTGATTTAA AATTTTAACA CGTTTAGATA GCTTATTTAA ATTCTAAGAC TGTTTTTACA GACTGTATTA 005440
005441 TTTGTATATA AATATGAACT ATAGTTTTTA CTAGTATCAC CAAATTGAGT GATACAAATT TCATCTATTT TATTACCCTA 005520
005521 TTTTTAAGGG AATTTTATGT TTTGTTTAAC CTTGATGAAT TGTATAAAGA GAGAATTTAA AAAATTACAT TCTTTATTTT 005600
005601 CTATTAGCTG TATTCATACT TTGGTTGCTT CAGACTTTAT ATATTGTTCT TAAAAGTTAG GAAAGAATTT CATGTGTTTT 005680
005681 AAATTGTCAC TTCTATTCTT TACAGAACCT TGTAGTGCCA AAAACTTTTT AAAAGGtaaa aaaataaaat aaaattaCAA 005760
005761 CAT
[back to top]

Predicted Small Protein

Name NONHSAT003247_smProtein_1799:2083
Length 95
Molecular weight 10085.778
Aromaticity 0.0851063829787
Instability index 50.2042553191
Isoelectric point 9.30157470703
Runs 16
Runs residual 0.0413968547641
Runs probability 0.0403859742095
Amino acid sequence MAHCSLDLPGSGDSPMSASRVAGTPGMHHHTWLIFVFLVKMGFRHVAQAGLKLLSSSDLP
ASAFESARITVLSHCSCLSSAFKKILYFILIKPG
Secondary structure LLEEELLLLLLLLLLLLHHHHLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHLHHHHHHHHHHHHLLLLLL
LHHHHHHLEEEELHHHHHHHHHHHHHHHEEELLL
PRMN LLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLLLLLLLLLLL
LLLLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLLL
PiMo ooooooooooooooooooooooooooooTTTTTTTTTTTTTTTTTTiiiiiiiiiiiiii
iiiiiiiiiiTTTTTTTTTTTTTTTTTToooooo