ENST00000564623.1

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Transcriptomic Nomeclature

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Function

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Regulation

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Expression

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Allelic Information and Variation

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Evolution

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Labs working on this lncRNA

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References

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Basic Information

Transcript ID

ENST00000564623.1

Source

Gencode19

Same with

lnc-HIAT1-1:1,NONHSAT004774

Classification

intergenic

Length

5067 nt

Genomic location

chr1+:100496122..100501188

Exon number

1

Exons

100496122..100501188

Genome context

Sequence
000001 CAGGGAAGCC AAAAGATTGG ACACCCCAGC TTTAAATGTA GAGTATTTAA GAGGTTCAGT TAAATGTACT AAATCAGACT 000080
000081 TGTGTGATTT AGACACAAAA TCTGTGTGTG TGTGTGTTTG GTCTTTTAAA AGATACTGCA TGTACAAACA TGATTTCTAA 000160
000161 TAATTGAGGG TTTATTAAGT TTTTCCCTTT AGGCTAAAGT TTTATTTTAT TCTGCTTGGA TAGTAAATAC AGCATTTTAA 000240
000241 AATGATGATG CTAAGTGCTT TTTTAATATA TGCATGCTGC TTCAATAGGT CTTTTAAATA TAGCCAAGGC AGGGTAATAT 000320
000321 TTCCTGAGTG ATGATAGAAT TATAGAAAAT CATGAAAGAT GTGTGCCCAT GTTTCATTTT ATAACTGTTC CAGTCATATT 000400
000401 GCTATGAATT CTAGAATTTT AAAACCTGCC ACACTTATTT TGGATGTTAT ATACACATAA TGCCTCAAAT TTCCATTATT 000480
000481 TCATATTATT TTTCTCCATT TCCCTCGTGT CAAGTTTCAT TTTGTTTTCA ATGTTTTGTT TTTATAATAT TGCCATTTTA 000560
000561 ATGGCTTCAA TCATGCTATG ACAGATTGTG CCAATTTAGC TTTAAAAAAC TCATGGGCTA CCTCCATGAA CTCACACATG 000640
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000801 CTCCAGCATG CGTGACCTAA AGATATGGAC ATCTTCTTAA TTAACCTCAG TGCCATTATG ACACCTAAGA AAATTTAAAT 000880
000881 TAATTCAGGT CACTTCATCT AAGTTCAAAT TCAAATACAA TTGCCCCTCT GTAAACGTGG GGGATTGGTT CCAGGACCCC 000960
000961 CACCTCGTGT ATACCAAAAT TTGGGCACAC TCAAGTCCTT AAGGGGAAAC CGCGTATAAG AAAAGTCAGC CCTCCCTATG 001040
001041 GGTGGGTTTC ACATCCTGCA AATAACTGTG TTTTCCATCT GCATTTGGCT GAAAAAAAAT CTGCATATAA GTGGACCCAT 001120
001121 GCAGTTCAAA TCTGTTGTTC AAGAGTCAAC TGTATTCCCA GTTGTCTCAA AAATGATTTT TTATAGCTTT TTTGTTTTGG 001200
001201 AACGAGGGTA AAATCAAGGT TAATGCTTTG TATTTGATTG TCTCCTTTGG TCTTGAAGTC CCCTTCCTGC ACCACCACCT 001280
001281 GCCCCTCAAT GGCTTTTTTA TACCAAGAGA CTGAAAATGC TACCTCTAAT GACTTTTCTC CCCATGATAG TACTCTTTGA 001360
001361 AGGACCAAAG TTACTTTGCT CCTATTATGT GGTTTGATTT GTTCCCTTTA TTCCTTTCAT GTCCTTTGAA CTGGAAGTCA 001440
001441 AGTCTATAGG TTTGATTACC TTCAGGTTAA ATGTATTGGG TAAAAATATT TCACAGATTT TATATTGTAT CATATTAAAA 001520
001521 GGCACAGATA ATCTCATTAT TAATGTTGGT AATTATTTGG TTAAGATGAT GACTACCCCA TTGTAAAGGT TATTGTAAAG 001600
001601 TTCTCCCTGT GGTAAAGGTC ATTTGTTCAC CCTTAGTAAT CTATGGAGTA ATGTTTTAGC ACCAGGAGAA TATTCTGTTT 001680
001681 CCCAATGCCT TTAGCATCAA TTGATGATTC TTGACTGAAT CATTTATTAC ACTGGGGTGC AAAATGGTGA TAAATTTTTT 001760
001761 TTAGTGCTCT AAATTTCTTC TACATTTATT AGTTTATATT CTTTTTTAAA ATAAAAAAGT ATATTTCCCT CCTGTTTCTC 001840
001841 TAATATCCCT CTTTAAAAAA AAGACCATGT CTTCATGAAT TTAAAAAAAA TTACTCAATA TATTATAGCC AATCGGTCAC 001920
001921 AGTTCTTTTT GATGCTCATA TATATTGTGA GCCTCTAGCC CATGTAAGTC ACAGCAAGCT AGCTCTTGGG TTTTTTTTGA 002000
002001 GATGGAGTTT CACTCTGTCA CCCAAGCTGG AGTGCAGTGG CACGATCTCG GCTCACTGCA ACCTCCACCC TCCGGGTTCA 002080
002081 AATGATTCTC CTTCCTCAGC CTCCTGAGTA GCTGGGACTA TAGGTGCCTG CCACCGCGCC TGGCTAATTT TTTGTATTTT 002160
002161 TAGTAGAGAT GGGGTTTCAC CATCTTGGCC AGGCTGGTCT TGAACTCCTG ACCTCGTGAT CCACCCGCCT CGGCCTCCCA 002240
002241 AAGTGCTGGG ATTACAGGCA TGAGCCACCG CGCCCGGCCA CTCTTGTGTT TTTTAAACAT GACCACATTA GTCTTTTAGT 002320
002321 CCTTATTTGC TTTAGGCACA AGAAATCTGA GGCTTACCTT ATATTTGTCT TGTTCCAAAT TTGGATTATC AGCTAATTCT 002400
002401 CCAAGGAGCC CTATACCTTT TAAGGGGAGT GGGATTTATT TAATTTTTTC TTTGGAGTCC TTCTAGCCAG TGAATGGAAT 002480
002481 TTATTATAGA ATCCATTGTT ACTGAGCTGT CATTGTTTCT AGGCCATTTT AGTGGACATA GCTAGGAAAT ACAATTTTAA 002560
002561 AAGATCATGA ATTCAAATTA ATATTTACAA CTAAAATTTA GCAACATGGC CAGGTGCAGT GGCTCATCCC TGTAATTCCA 002640
002641 GCACTTTGGG AGTCTGAGGT GGGAGGATCA CTTAAGGCCA GGGGTTCAAG ACCAGCCTGG GCAACAGAGT GAGATCCTGT 002720
002721 CTCTACAAAA AAAAAAAAAA AGATAAATTT TTTCGAAAAG TTTTATATGA AAAGTGTACT CTGAAAAAAT CTAGCTGTCA 002800
002801 TACCTATCCC TCCATTCCTA ACCATCTCTT ATAAGTAATT ATTATCCATC TCTTATAAGT AATTATTATA AGTATTTTCT 002880
002881 TAGTTTTCCA ATTTATCTTT CATGTGTTTC TTTTTAAAAA GCAAACAAAT ATGCATATTG CTGTACTTAC TGTGCCTCTT 002960
002961 TCACAACATG GGGTCTTTAT AAAATTTCTT TGGATGTTTA GAAAGGTTTG TATGCTCTAA TTTATACTGA TAACATTTTA 003040
003041 TATAATGCAT TTAGAGTCCC CAATTTGCTT GTCTAGGCCT CTACTATTTA ATTTGACACC TTTAAATGAT GTTCTTTGAC 003120
003121 TCTTATCTAA TTGTCTATGT GACCGTCAGT GAATATATTA TCTGTTCATA TTTTCTGTAG TCTTATTTCT TTTTGATTAG 003200
003201 AACATATAAT ATTTACACAC TATTTTCCCA TCCTAATCCC CACCTTTGTA ATAAAATTAA TTAAAATTTT AAAAAAGTAT 003280
003281 ATTTAATAAC CTACTGATAC TTACCTGAAG TCTCTCTGGT CAACTTTTGG CTGGATGAAG CTCTTCTGTA GAGTATTCAA 003360
003361 GGAGGGCTTG TAAGTACTGT ACAATATTCT CTGAGTTGTG ACATGTTTAA AATTTCTTCT GGAGCCTAGA TACTTAAAGT 003440
003441 ACACCTTGGC CATGTAGAAA ATCCTTGACA AACATTTCCT TTTCTTGAGT TTGTCTGAAT TTGTGCTTCA CTGTTGGGTT 003520
003521 GCTTGATGTT ATCATCAAGA AGTGTGGCAC CACTTGATTT TTTTCCCTTT TGGAAATGAC ATTTTGTTTG TTGTTTTTTA 003600
003601 CCTAGAGACC CAGATAATTT TTTCTATATT ATTTTATCTA TGATCCTTTT TATCTCATTT TTGTTCTCAT AGCTGTTTTA 003680
003681 TTCCTCTTCT CTGTATTTCT TACTTTACTT TTATTTGTGT CTCTCAGGTA CCCTGTGATT TAGTTTTCAT TTTTAGATGA 003760
003761 TTTTATCTTT TCAGTATATT GCCTATGTTT GTTCAACTCT CATTTTACAT CTTACTATTG AGTTTAAAAA TTTTTATTTG 003840
003841 CTGTGTTCTT TTATATGTGC AATTAATGAT ATTCATGTTG GAGTGTTGTA TATTATTTGC CTCTGCTTCA TATTGTCTAG 003920
003921 AGGGTAGTAT TTTCTATTGA TTGAAAAGTT TTCATTTTCT GTTTTTTATA ATAGCCTTGT ATGGATTTTT GGTGGCTTTT 004000
004001 CTATTCATGA TTAAATGTGT AGGATCTTCT TCAATCAGCA ATAACAGGTG GCTCTATAGA ATGGAGGGTA GAAGGGATGT 004080
004081 GGGTGACTTA CTCAGTTTTT AGTTAAAGAG GACCCTCTTC TGTTAGCATG GTGAAGTGCA GTTTCTTTAA TAAATTGTGC 004160
004161 ATGGTGGGGG TGGGATTTGG ATTCTGTGAT ACAATCTTGT TTCTTTAGGA ATCTTTTACT TTTGGCCACT TGCCTTTCTT 004240
004241 TCCAAGGAAT CCCACTCCCT TTCAAGGTGC CTCATGAACT GTTTTCATGA ACTTTCCAAA CATTGGTTTC TGCTTGTTTC 004320
004321 TAAGCCTGAT TCTTGGCCTT CTCATTAATT TTCAAAACTT CCAATATCCT TCCAAATAAT TCCCTTTTGC TTACGTTAGC 004400
004401 GAGTACTAGT TTGTTAGCCA GTGTTAGTTT CTGTTGATCC TAACCAAAAA ACCCTAACTG AGATATCAGT CTCTTAGCGC 004480
004481 AAAGTTTGTG AATACGGTCA TCCCTCCATA TGAGGAGGGG AGTGGGAATT GGTTGTGGGA CTTCCGTGGA TATCCAAATC 004560
004561 AGTGGATGCT AAAGTCCCTT ACATAAAATG GCATAGTATT TGGTTATCAT CCTCCCCATA CATCATCTCT AGATTATTTA 004640
004641 TAGTACTTAA TACAATGTAA TGCTGTGTAG TCATACTGTA TTTTTTACTT GTATTTTTGT TGTTTTGTGG GATTTAAAAA 004720
004721 ATATTTTTAT TCTGAGGATA GTTGAATCCA CAGGATACTG AGGGCCAGCT GTATTCACAA CCCAAATCAC ATACAAAGCG 004800
004801 ACAAGTTCAT ACACAATAGG CCTATTAGAA CAGGACTGTT CTCTCTTGTT TATCATTGCA GCCTTTCTAG CACAAAGCCT 004880
004881 GGGACATTCT GGACATTTAG TATGTGTTAA ATTTCTCTTA CTACATTATT TCCAACAGTA TTTACTGCAA TCTGCAATTA 004960
004961 CCTTCCTTTT GTTTTGTAAC TGTGTCCCCC ACTAGAATGT AAGCTCTGTG CAGATAGTGT CTCATTTATT GATGTATCCC 005040
005041 TGGCATCTAA TAAAACACTG ACAACAC
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Predicted Small Protein

Name ENST00000564623.1_smProtein_1037:1210
Length 58
Molecular weight 6566.8178
Aromaticity 0.157894736842
Instability index 54.0405263158
Isoelectric point 9.51556396484
Runs 10
Runs residual 0.0214912280702
Runs probability 0.0315580286169
Amino acid sequence MGGFHILQITVFSICIWLKKNLHISGPMQFKSVVQESTVFPVVSKMIFYSFFVLERG
Secondary structure LLLEEEEEEEEEEEEHHHHHLLLEELLLEEEEEEEEEEEEEELLLEEEEEEEEEEEL
PRMN -
PiMo -