ENST00000564623.1
Please input one-sentence summary here.
Contents
Annotated Information
Transcriptomic Nomeclature
Please input transcriptomic nomeclature information here.
Function
Please input function information here.
Regulation
Please input regulation information here.
Expression
Please input expression information here.
Allelic Information and Variation
Please input allelic information and variation information here.
Evolution
Please input evolution information here.
You can also add sub-section(s) at will.
Labs working on this lncRNA
Please input related labs here.
References
Please input cited references here.
Basic Information
Transcript ID |
ENST00000564623.1 |
Source |
Gencode19 |
Same with |
lnc-HIAT1-1:1,NONHSAT004774 |
Classification |
intergenic |
Length |
5067 nt |
Genomic location |
chr1+:100496122..100501188 |
Exon number |
1 |
Exons |
100496122..100501188 |
Genome context |
|
Sequence |
000001 CAGGGAAGCC AAAAGATTGG ACACCCCAGC TTTAAATGTA GAGTATTTAA GAGGTTCAGT TAAATGTACT AAATCAGACT 000080
000081 TGTGTGATTT AGACACAAAA TCTGTGTGTG TGTGTGTTTG GTCTTTTAAA AGATACTGCA TGTACAAACA TGATTTCTAA 000160 000161 TAATTGAGGG TTTATTAAGT TTTTCCCTTT AGGCTAAAGT TTTATTTTAT TCTGCTTGGA TAGTAAATAC AGCATTTTAA 000240 000241 AATGATGATG CTAAGTGCTT TTTTAATATA TGCATGCTGC TTCAATAGGT CTTTTAAATA TAGCCAAGGC AGGGTAATAT 000320 000321 TTCCTGAGTG ATGATAGAAT TATAGAAAAT CATGAAAGAT GTGTGCCCAT GTTTCATTTT ATAACTGTTC CAGTCATATT 000400 000401 GCTATGAATT CTAGAATTTT AAAACCTGCC ACACTTATTT TGGATGTTAT ATACACATAA TGCCTCAAAT TTCCATTATT 000480 000481 TCATATTATT TTTCTCCATT TCCCTCGTGT CAAGTTTCAT TTTGTTTTCA ATGTTTTGTT TTTATAATAT TGCCATTTTA 000560 000561 ATGGCTTCAA TCATGCTATG ACAGATTGTG CCAATTTAGC TTTAAAAAAC TCATGGGCTA CCTCCATGAA CTCACACATG 000640 000641 CGGCATTGTT AAAGAACCTT TTTTAAAATT AAATTTTCTC CAGCTTTTCA TTTTGCAGCA TACAAAAAAA TTGAAAAATT 000720 000721 GGTATACCAC CTAAATCCAA CCATTATTAA CATTTTGCCA CACTAGCTTT ATCTCTGTTG GGACACTTTA CCCCTACATA 000800 000801 CTCCAGCATG CGTGACCTAA AGATATGGAC ATCTTCTTAA TTAACCTCAG TGCCATTATG ACACCTAAGA AAATTTAAAT 000880 000881 TAATTCAGGT CACTTCATCT AAGTTCAAAT TCAAATACAA TTGCCCCTCT GTAAACGTGG GGGATTGGTT CCAGGACCCC 000960 000961 CACCTCGTGT ATACCAAAAT TTGGGCACAC TCAAGTCCTT AAGGGGAAAC CGCGTATAAG AAAAGTCAGC CCTCCCTATG 001040 001041 GGTGGGTTTC ACATCCTGCA AATAACTGTG TTTTCCATCT GCATTTGGCT GAAAAAAAAT CTGCATATAA GTGGACCCAT 001120 001121 GCAGTTCAAA TCTGTTGTTC AAGAGTCAAC TGTATTCCCA GTTGTCTCAA AAATGATTTT TTATAGCTTT TTTGTTTTGG 001200 001201 AACGAGGGTA AAATCAAGGT TAATGCTTTG TATTTGATTG TCTCCTTTGG TCTTGAAGTC CCCTTCCTGC ACCACCACCT 001280 001281 GCCCCTCAAT GGCTTTTTTA TACCAAGAGA CTGAAAATGC TACCTCTAAT GACTTTTCTC CCCATGATAG TACTCTTTGA 001360 001361 AGGACCAAAG TTACTTTGCT CCTATTATGT GGTTTGATTT GTTCCCTTTA TTCCTTTCAT GTCCTTTGAA CTGGAAGTCA 001440 001441 AGTCTATAGG TTTGATTACC TTCAGGTTAA ATGTATTGGG TAAAAATATT TCACAGATTT TATATTGTAT CATATTAAAA 001520 001521 GGCACAGATA ATCTCATTAT TAATGTTGGT AATTATTTGG TTAAGATGAT GACTACCCCA TTGTAAAGGT TATTGTAAAG 001600 001601 TTCTCCCTGT GGTAAAGGTC ATTTGTTCAC CCTTAGTAAT CTATGGAGTA ATGTTTTAGC ACCAGGAGAA TATTCTGTTT 001680 001681 CCCAATGCCT TTAGCATCAA TTGATGATTC TTGACTGAAT CATTTATTAC ACTGGGGTGC AAAATGGTGA TAAATTTTTT 001760 001761 TTAGTGCTCT AAATTTCTTC TACATTTATT AGTTTATATT CTTTTTTAAA ATAAAAAAGT ATATTTCCCT CCTGTTTCTC 001840 001841 TAATATCCCT CTTTAAAAAA AAGACCATGT CTTCATGAAT TTAAAAAAAA TTACTCAATA TATTATAGCC AATCGGTCAC 001920 001921 AGTTCTTTTT GATGCTCATA TATATTGTGA GCCTCTAGCC CATGTAAGTC ACAGCAAGCT AGCTCTTGGG TTTTTTTTGA 002000 002001 GATGGAGTTT CACTCTGTCA CCCAAGCTGG AGTGCAGTGG CACGATCTCG GCTCACTGCA ACCTCCACCC TCCGGGTTCA 002080 002081 AATGATTCTC CTTCCTCAGC CTCCTGAGTA GCTGGGACTA TAGGTGCCTG CCACCGCGCC TGGCTAATTT TTTGTATTTT 002160 002161 TAGTAGAGAT GGGGTTTCAC CATCTTGGCC AGGCTGGTCT TGAACTCCTG ACCTCGTGAT CCACCCGCCT CGGCCTCCCA 002240 002241 AAGTGCTGGG ATTACAGGCA TGAGCCACCG CGCCCGGCCA CTCTTGTGTT TTTTAAACAT GACCACATTA GTCTTTTAGT 002320 002321 CCTTATTTGC TTTAGGCACA AGAAATCTGA GGCTTACCTT ATATTTGTCT TGTTCCAAAT TTGGATTATC AGCTAATTCT 002400 002401 CCAAGGAGCC CTATACCTTT TAAGGGGAGT GGGATTTATT TAATTTTTTC TTTGGAGTCC TTCTAGCCAG TGAATGGAAT 002480 002481 TTATTATAGA ATCCATTGTT ACTGAGCTGT CATTGTTTCT AGGCCATTTT AGTGGACATA GCTAGGAAAT ACAATTTTAA 002560 002561 AAGATCATGA ATTCAAATTA ATATTTACAA CTAAAATTTA GCAACATGGC CAGGTGCAGT GGCTCATCCC TGTAATTCCA 002640 002641 GCACTTTGGG AGTCTGAGGT GGGAGGATCA CTTAAGGCCA GGGGTTCAAG ACCAGCCTGG GCAACAGAGT GAGATCCTGT 002720 002721 CTCTACAAAA AAAAAAAAAA AGATAAATTT TTTCGAAAAG TTTTATATGA AAAGTGTACT CTGAAAAAAT CTAGCTGTCA 002800 002801 TACCTATCCC TCCATTCCTA ACCATCTCTT ATAAGTAATT ATTATCCATC TCTTATAAGT AATTATTATA AGTATTTTCT 002880 002881 TAGTTTTCCA ATTTATCTTT CATGTGTTTC TTTTTAAAAA GCAAACAAAT ATGCATATTG CTGTACTTAC TGTGCCTCTT 002960 002961 TCACAACATG GGGTCTTTAT AAAATTTCTT TGGATGTTTA GAAAGGTTTG TATGCTCTAA TTTATACTGA TAACATTTTA 003040 003041 TATAATGCAT TTAGAGTCCC CAATTTGCTT GTCTAGGCCT CTACTATTTA ATTTGACACC TTTAAATGAT GTTCTTTGAC 003120 003121 TCTTATCTAA TTGTCTATGT GACCGTCAGT GAATATATTA TCTGTTCATA TTTTCTGTAG TCTTATTTCT TTTTGATTAG 003200 003201 AACATATAAT ATTTACACAC TATTTTCCCA TCCTAATCCC CACCTTTGTA ATAAAATTAA TTAAAATTTT AAAAAAGTAT 003280 003281 ATTTAATAAC CTACTGATAC TTACCTGAAG TCTCTCTGGT CAACTTTTGG CTGGATGAAG CTCTTCTGTA GAGTATTCAA 003360 003361 GGAGGGCTTG TAAGTACTGT ACAATATTCT CTGAGTTGTG ACATGTTTAA AATTTCTTCT GGAGCCTAGA TACTTAAAGT 003440 003441 ACACCTTGGC CATGTAGAAA ATCCTTGACA AACATTTCCT TTTCTTGAGT TTGTCTGAAT TTGTGCTTCA CTGTTGGGTT 003520 003521 GCTTGATGTT ATCATCAAGA AGTGTGGCAC CACTTGATTT TTTTCCCTTT TGGAAATGAC ATTTTGTTTG TTGTTTTTTA 003600 003601 CCTAGAGACC CAGATAATTT TTTCTATATT ATTTTATCTA TGATCCTTTT TATCTCATTT TTGTTCTCAT AGCTGTTTTA 003680 003681 TTCCTCTTCT CTGTATTTCT TACTTTACTT TTATTTGTGT CTCTCAGGTA CCCTGTGATT TAGTTTTCAT TTTTAGATGA 003760 003761 TTTTATCTTT TCAGTATATT GCCTATGTTT GTTCAACTCT CATTTTACAT CTTACTATTG AGTTTAAAAA TTTTTATTTG 003840 003841 CTGTGTTCTT TTATATGTGC AATTAATGAT ATTCATGTTG GAGTGTTGTA TATTATTTGC CTCTGCTTCA TATTGTCTAG 003920 003921 AGGGTAGTAT TTTCTATTGA TTGAAAAGTT TTCATTTTCT GTTTTTTATA ATAGCCTTGT ATGGATTTTT GGTGGCTTTT 004000 004001 CTATTCATGA TTAAATGTGT AGGATCTTCT TCAATCAGCA ATAACAGGTG GCTCTATAGA ATGGAGGGTA GAAGGGATGT 004080 004081 GGGTGACTTA CTCAGTTTTT AGTTAAAGAG GACCCTCTTC TGTTAGCATG GTGAAGTGCA GTTTCTTTAA TAAATTGTGC 004160 004161 ATGGTGGGGG TGGGATTTGG ATTCTGTGAT ACAATCTTGT TTCTTTAGGA ATCTTTTACT TTTGGCCACT TGCCTTTCTT 004240 004241 TCCAAGGAAT CCCACTCCCT TTCAAGGTGC CTCATGAACT GTTTTCATGA ACTTTCCAAA CATTGGTTTC TGCTTGTTTC 004320 004321 TAAGCCTGAT TCTTGGCCTT CTCATTAATT TTCAAAACTT CCAATATCCT TCCAAATAAT TCCCTTTTGC TTACGTTAGC 004400 004401 GAGTACTAGT TTGTTAGCCA GTGTTAGTTT CTGTTGATCC TAACCAAAAA ACCCTAACTG AGATATCAGT CTCTTAGCGC 004480 004481 AAAGTTTGTG AATACGGTCA TCCCTCCATA TGAGGAGGGG AGTGGGAATT GGTTGTGGGA CTTCCGTGGA TATCCAAATC 004560 004561 AGTGGATGCT AAAGTCCCTT ACATAAAATG GCATAGTATT TGGTTATCAT CCTCCCCATA CATCATCTCT AGATTATTTA 004640 004641 TAGTACTTAA TACAATGTAA TGCTGTGTAG TCATACTGTA TTTTTTACTT GTATTTTTGT TGTTTTGTGG GATTTAAAAA 004720 004721 ATATTTTTAT TCTGAGGATA GTTGAATCCA CAGGATACTG AGGGCCAGCT GTATTCACAA CCCAAATCAC ATACAAAGCG 004800 004801 ACAAGTTCAT ACACAATAGG CCTATTAGAA CAGGACTGTT CTCTCTTGTT TATCATTGCA GCCTTTCTAG CACAAAGCCT 004880 004881 GGGACATTCT GGACATTTAG TATGTGTTAA ATTTCTCTTA CTACATTATT TCCAACAGTA TTTACTGCAA TCTGCAATTA 004960 004961 CCTTCCTTTT GTTTTGTAAC TGTGTCCCCC ACTAGAATGT AAGCTCTGTG CAGATAGTGT CTCATTTATT GATGTATCCC 005040 005041 TGGCATCTAA TAAAACACTG ACAACAC |
Predicted Small Protein
Name | ENST00000564623.1_smProtein_1037:1210 |
Length | 58 |
Molecular weight | 6566.8178 |
Aromaticity | 0.157894736842 |
Instability index | 54.0405263158 |
Isoelectric point | 9.51556396484 |
Runs | 10 |
Runs residual | 0.0214912280702 |
Runs probability | 0.0315580286169 |
Amino acid sequence | MGGFHILQITVFSICIWLKKNLHISGPMQFKSVVQESTVFPVVSKMIFYSFFVLERG |
Secondary structure | LLLEEEEEEEEEEEEHHHHHLLLEELLLEEEEEEEEEEEEEELLLEEEEEEEEEEEL |
PRMN | - |
PiMo | - |